Процес ще до його початку викликав численні скарги з боку юристів – на засекреченість обвинувальних матеріалів і на те, що військова комісія судить цивільних. Начальник комісії бригадний генерал Том Гартман відповів на це журналістам: «Тут ми бачимо п’ятьох підсудних, яких захищають 18 адвокатів. Хіба це не доказ справедливості американської системи правосуддя?». Засекреченість матеріалів генерал Гартман пояснив необхідністю зберегти джерела розвідувальних даних, адже завдяки їм вдалося захопити Мохаммеда у Пакистані 2003-го року. Він був номером третім в ієрархії терористичної мережі Аль-Каїда.
Підозрюваний організатор терактів 11 вересня 2001 року хоче собі кари смерті
Трибунал засідає у спеціальному «експедиційному юридичному комплексі», спорудженому на старому аеродромі на базі Гуантанамо. Підсудних привезли туди у кайданах, які зняли у залі суду.
Халід Шейх Мохаммед на початку засідання визнав себе винним в організації терактів і відмовився від усіх чотирьох своїх адвокатів, сказавши, що захищатиметься сам. Головний суддя Ральф Колманн, полковник морської піхоти, попередив Мохаммеда, що з таким зізнанням йому загрожує смертна кара, але підсудний заявив, що він свідомий того, однак здавна бажав стати мучеником і «з Божого дозволу» стане ним від рук трибуналу. Зробивши цю заяву, Мохаммед почав виспівувати текст Корану. Процес висвітлюють десятки журналістів, американських та закордонних.
