Але перш ніж потрапити у підпілля УГКЦ, отець Матей пройшов навчання в духовній семінарії та академії Російської православної церкви (РПЦ) у тодішньому Ленінграді.
Адже радянська влада ліквідувала УГКЦ на псевдособорі у Львові у 1946 році. Відтоді в радянській Україні офіційно діяла лише Російська православна церква, а греко-католицьке духовенство і вірні зазнавали переслідувань і репресій, вони перейшли у підпілля. Втім, повернувшись після навчання на Львівщину, молодий священник відмовився доносити на підпільних священників УГКЦ. Він покинув РПЦ і перейшов у підпілля. Священник активно боровся за легалізацію УГКЦ.